Bilim ve teknoloji alanında çeşitli ülkelerle hükümetlerarası ya da kurumlararası düzeyde imzalanan ikili işbirliği anlaşmaları mevcuttur. Söz konusu anlaşmalar çerçevesinde ortak araştırma projeleri desteklenmekte ve izlenmekte, ortak bilimsel toplantılar, uzman değişimleri, çalışma ziyaretleri vb. gibi etkinliklere maddi destek sağlanmaktadır. TÜBİTAK tarafından yürütülen ikili işbirliği çağrılarından açık olanları aşağıda yer almaktadır.
- 2501 - ABD Ulusal Bilim Vakfı (NSF) ile İkili İşbirliği Programı
- 2502 - Bulgaristan Bilimler Akademisi (BAS) ile İkili İşbirliği Programı
- 2506 - Hindistan Bilimsel ve Endüstriyel Arş. Konseyi (CSIR) ile İkili İşbirliği Programı
- 2507 - Almanya Araştırmalar Konseyi (DFG) ile İkili İşbirliği Programı
- 2508 - Slovenya Araştırma Kurumu (ARRS) ile İkili İşbirliği Programı
- 2513 - Slovakya Bilimler Akademisi (SAS) ile İkili İşbirliği Program
- 2525 - Almanya Eğt. ve Arş. Bakanlığı (BMBF) ile İkili İşbirliği Programı
- 2526 - Moğolistan Bilimler Akademisi (MAS) ile İkili İşbirliği Programı
- 2540 - Slovak Bilimler Akademisi (SAS) ile Tematik İşbirliği Programı
- 2545 - Fransa Ulusal Araştırma Ajansı (ANR) ile İkili İşbirliği Programı
- 2553 - Pakistan Bilim Vakfı (PSF) ile İkili İşbirliği Programı
- 2555 - Gürcistan Shota Rustaveli Gürcü Ulusal Bilim Vakfı (SRGNSF) ile İkili İşbirliği Programı
- 2557 - Belarus Cumhuriyet Temel Araştırmalar Vakfı (BRFFR) ile İkili İşbirliği Programı